12 марта 1998 года Распоряжением Министерства госимущества РФ создано Территориальное управление федерального недвижимого имущества по г. Москве Мингосимущества России. Штатное расписание содержало 55 единиц. Начальником управления назначен И. Ю. Ибрагимов.

14 мая 1999 года Приказом 1-го заместителя Министра Мингосимущества Г. О. Грефа исполняющим обязанности начальника Территориального управления назначен П. А. Доронин.

28 января 2000 года Распоряжением Министра имущественных отношений РФ Ф. Р. Газизуллина утверждена численность сотрудников Территориального управления в 200 человек. Это решение вызвано увеличением полномочий, переданных Территориальному управлению.

16 августа 2000 года произошла реорганизация работы Территориального управления. Территориальное управление федеральной недвижимости по г. Москве Мингосимущества России преобразовано в Территориальное управление Минимущества России «Агентство федерального имущества по г. Москве» со штатной численностью в 201 человек. Этим же днем подписан Приказ Министра имущественных отношений РФ Ф. Р. Газизуллина о назначении начальником названного учреждения А. В. Климченко.

6 декабря 2000 года утверждено Положение о Территориальном управлении Минимущества России «Агентство федерального имущества по г. Москве».

19 июня 2001 года штат сотрудников увеличился до 392 человек.

26 сентября 2001 года Приказом Министра имущественных отношений РФ Ф. Р. Газизуллина руководителем Территориального управления Минимущества России «Агентство федерального имущества по г. Москве» назначена Найденова Т. С.

На 23 октября 2003 года в штате Территориального управления насчитывалось 318 человек.

1 февраля 2005 года утверждено Положение о Территориальном управлении Федерального агентства по управлению федеральным имуществом по г. Москве.

21 февраля 2005 года Приказом Руководителя Федерального агентства по управлению федеральным имуществом (Росимущество) В. Л. Назарова исполняющим обязанности руководителя Территориального управления назначен Томак Е. В.

1 июля 2005 года Приказом Министра экономического развития и торговли РФ Г. О. Грефа Томак Е. В. назначен руководителем Территориального управления Росимущества по г. Москве.

4 декабря 2007 года Приказом №223 Руководителя Федерального агентства по управлению федеральным имуществом (Росимущество) В. Л. Назарова, исполняющим обязанности руководителя Территориального управления назначен Зотов В.Н.

27 июня 2008 года Приказом Федерального агентства по управлению государственным имуществом №117 Территориальное управление Федерального агентства по управлению федеральным имуществом по городу Москве переименовано в Территориальное управление Федерального агентства по управлению государственным имуществом по городу Москве

В соответствии с приказом Федерального агентства по управлению государственным имуществом от 5 марта 2009 г. № 67 утверждено новое Положение о Территориальном управлении Росимущества в городе Москве. В соответствии со вступившими в силу изменениями, изменилось наименование Территориального управления. Новое гаименование: Территориальное управление Федерального агентства по управлению государственным имуществом в городе Москве.

В соответствии с приказом Министерства экономического развития Российской Федерации от 25 февраля 2009 г. № 204-л исполняющим обязанности руководителя Территориального управления в городе Москве назначен Анатолий Степанович Шестерюк. 

В соответствии с приказом Министерства экономического развития Российской федерации от 9 июня 2009 г. № 815-л и приказом Федерального агентства по управлению государственным имуществом от 9 июня 2009 г. № 653-л с 15 июня 2009 г. в должность руководителя Территориального управления федерального агентства по управлению государственным имуществом в городе Москве вступил Анатолий Степанович Шестерюк.